Además del objetivo global de prevenir la contaminación marina y contribuir a proteger la fauna y flora marinas, el proyecto Islas Verdes pretende alcanzar los siguientes objetivos específicos:

• Diseñar y adaptar el contenedor a bordo “Isla Verde” a cada buque participante en el proyecto, perteneciente a cada flota seleccionada.
• Gestionar adecuadamente los residuos que se generan a bordo mediante una adecuada separación de los mismos, fomentando la reutilización, el reciclado y la recuperación de los residuos generados a bordo una vez entregados en tierra al gestor autorizado.
• Sensibilizar al sector pesquero, concienciando sobre los problemas del medio marino a los miembros de la tripulación de los buques, fomentando la necesidad de conservarlo y protegerlo.
• Garantizar la trazabilidad de los residuos generados en los buques gracias a su control y seguimiento, mediante el desarrollo de aplicaciones tecnológicas (basadas en Códigos QR), que permitan acceder a información sobre la cadena de gestión de los mismos.
• Agilizar y simplificar la emisión de los certificados MARPOL, que será inmediata a la recogida e “in situ” gracias a las TIC desarrolladas, así como disminuir los costes asociados a la misma